Как и все животные, шиншиллы подвержены как заболеваниям инфекционного характера, так и не инфекционным болезням. В первую очередь, неинфекционные заболевания этих зверьков начинаются в результате ненадлежащего ухода и неправильного кормления.
Так, при неправильном кормлении, когда в рационе животного повышенное содержание сочного или сухого корма, развивается расстройство ЖКТ. Так же понос может вызвать скармливание животному некачественных продуктов или грязной воды. Помимо этого такие симптомы проявляются, если в рационе зверька чрезмерное количество продуктов, изобилующих белками и жирами. При изменении флоры желудка происходит размножение микробов, что зачастую вызывает отравление и гибель животного.